Sekcję piłki ręcznej Jarosławskiego Klubu Sportowego utworzono w 1969 roku z inicjatywy Antoniego Wańkowicza. Pod wodzą trenera Januarego Pałysa szczypiornistki z Podkarpacia awansowały w 1973 roku do III ligi, a w 1978 roku do II. Przez pięć kolejnych lat JKS rozgrywał swoje mecze w Przemyślu. Po przebudowie hali Miejskiego Ośrodka Sportu i Rekreacji, drużyna wróciła do swojego miasta (1983).
W 1991 roku jarosławskie piłkarki ręczne, prowadzone przez Anatolija Glebowa, wywalczyły pierwszy w historii klubu awans do I ligi, ówczesnej ekstraklasy. Przygoda w najwyższej klasie rozgrywkowej trwała jeden sezon, ale niedługo potem, bo w 1995 roku, jarosławianki ponownie awansowały do krajowej elity. W sezonie 95/96 zajęły w lidze 10. miejsce.
Rok później (96/97) czarno-niebieskie odniosły największy sukces w swojej historii. Do brązowego medalu Mistrzostw Polski poprowadził je trener Józef Cebularz. JKS pokonał wówczas Zagłębie Lubin (27:22 i 28:26).
W sezonie 96/97 drużyna z Jarosławia dotarła również do finału Pucharu Polski, w którym uległa Montexowi Lublin 25:27 i zagrała Pucharze Zdobywców Pucharów. W I rundzie tych międzynarodowych rozgrywek czarno-niebieskie szczypiornistki rozegrały dwa mecze wyjazdowe z tureckim Anadolu Uni Eskisehir. Z bilansem jednego zwycięstwa i jednej porażki awansowały do II rundy, gdzie czekał rosyjski zespół Łucz Moskwa. Obydwa finalnie przegrane mecze rozegrano w Jarosławiu.
W 2015 roku sekcja piłki ręcznej JKS-u wznowiła działalność. W cztery lata, zaczynając od II ligi, dotarła do PGNiG Superligi Kobiet (sezon 19/20). Po powrocie do najwyższej klasy rozgrywkowej w 2019 roku, jarosławski zespół z sezonu na sezon wzmacnia się o uznane w środowisku piłkarki ręczne, grające w reprezentacjach narodowych (m.in. Polski, Serbii, Ukrainy). W sezonie 21/22, czarno-niebieskie niemal do ostatniego meczu walczyły o brązowy medal, jednak finalnie uplasowały się na czwartym miejscu. Lokata ta zakwalifikowała drużynę do europejskich rozgrywek EHF European Cup.
